Jared Francis Harris naît le 24 août 1961 dans le quartier londonien de Hammersmith. Son père, Richard Harris, est acteur irlandais, tandis que sa mère, Elizabeth Rees-Williams, actrice galloise[1]. Il a deux frères, le réalisateur–scénariste Damian Harris (né en 1958) et l’acteur Jamie Harris (né en 1963)[2]. Il a une cousine, l’actrice Annabelle Wallis.
Au début des années 1980, il assiste aux cours d’art dramatique de l’université Duke, où, en 1983, il réalise le film Darkmoor puis, en 1984, décroche un BFA.